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六月上旬，雨之国。
自来也回忆起以前的事情，跟大蛇丸和千手纲手一起经历过两个铃铛抢夺战，一起跟随猿飞日斩修行忍术。
为了获得千手纲手的芳心，为了获得天下所有漂亮小姐的爱慕，自来也努力修行。
不想，在使用随机通灵术的时候，被反向召唤到了妙木山，那个满是蛤蟆的地方，还是会说人话的蛤蟆，也不知道那声带是怎么长的。
更想不到的是，蛤蟆仙那个一千岁的老糊涂居然做了个梦，也就是预言。
预言说，一个人类的孩子将迷失于这妙木山中，要给予这个孩子蛤蟆的力量，并让他知晓预言。
自来也就成了预言中，将要知道预言的人。
可是，那要知道的预言到底是什么，得等到蛤蟆糊涂仙做梦梦到以后。
好吧，生为命运之子，自来也只能待在妙木上修行，等待预言出现。
山中不知时日，自来也终于等到了蛤蟆糊涂仙做梦，也就是预言。
预言中说，除了好色以外，什么都不会的自来也，总有一天也会变成独当一面的忍者，而且还收了徒弟。
自来也的弟子会是个将来为忍者世界带来重大变革的忍者，他会给这世间带来前所未有的安定或毁灭，变革就是这两者间的一种。
自来也将是引导那个变革忍者的人，总有一天，自来也将被迫作出重大的抉择，这个抉择将会决定世界所面临的变革。
在梦中，自来也游历世界各地，并且在写小说，理由可能是因为自来也要去见识世界各地的森罗万象。
自来也不信，但是据说，蛤蟆糊涂仙预言的事情，从来没有落空的案例。
正好，自来也早就在蛤蟆山待腻了，干脆就出去了。
先回木叶里，结果发现千手纲手成了一个大美人，虽然一直有书信往来，但是有人近水楼台先得月，她居然有男朋友了。
恼火之下，自来也跟大蛇丸比斗了一翻，但却没赢。
自来也垂头丧气的走了，去散心，也正符合了预言中的旅行。
那个时候，世界正逐渐变得不太平，在忍者五大国统治下的和平变得岌岌可危，随着动乱的发生，各国开始了侵略和内乱，并逐渐危及普通人们的生活。……
“命运是不用寻找的，对已经来临的命运就只能接受，现在战乱逼近了，在和平时代没有用处的傀儡制造技术，也可能以高价卖给某国慷慨的大名。”
自来也在遇上一个傀儡师以后，突然就有了动笔写些什么的冲动。
那个傀儡师选择了卷入这股毁灭时代的浪潮中，而自来也想将这个世界导向前所未有的和平变革中。……
“虽然也在寻找自己的命运，可是一直都找不到，而且再怎么找那种东西也没用，因为仅凭我们一族，根本无法跟大国的忍者里对抗，我的命怎么这么苦，为了复兴一族，我已经用心做我不习惯的农活了，可还是不够生活。”
这是一个对现今的世道不满，满腹牢骚的忍者，自来也觉得他这样下去很危险，他迟早会重新拿起忍具加入战斗中，不管他自己愿意还是不愿意。……
“我在村子里就教孩子们，面对艰难的命运时，到底该如何去应对，他们获得作出更好选择的能力，选择是生还是死，我能教的，就只有让他们活下去的方法而已。”
这是一个教导人们修行忍术防身的忍者，但这不是自来也想要的，不单单要自己活下去，而是要给这个世界带来和平的变革者，将大家引领至一个迄今为止，都从未有过的和平时代。……
“这个世界正朝着战乱发展，而且无法停止下来，衷心的祈祷，人们唯一能做的，就只剩这个了。”
这是一个教导人们和平的忍者，但自来也不认为，祈祷就能得到和平。……
“现在各国的平衡随时都会被打破，此刻正处于战争的边缘，不先动手毁灭别人就会被别人毁灭，这是个一旦犹豫就会被干掉的世界。”
这是一个袭击自来也的女忍者，自来也打败了她，但也停止了旅行，回木叶里作为木叶里的一员参加战斗。……
回到村里，就得知千手纲手的弟弟死了，恋人也死了，看着痛苦的千手纲手，自来也很是心疼。
为了抹去忍者的世界里的这股悲伤，必须要找到变革者，必须找到那个能够给世界带来和平的人。……
“这就是我们忍者的命运，只要我们还生活在这个被诅咒的忍者世界里，就不会有和平。”
这是战场上遇上的一个忍者，自来也突然醒悟到，应该自己培养弟子，培养出能给这个世界带来和平的变革者，不管花多少时间，只要世界上有和平这种东西，就一定要抓住。……
第三次忍界大战全面爆发，就在雨之国，自来也、千手纲手、大蛇丸与雨隐里的山椒鱼半藏一战，获得了山椒鱼半藏的认可，成为传说中的三忍。
而在那之后，自来也在雨之国遇上了三个找食物的小孩子，弥彦、小南、长门，他们的家人被木叶里忍者杀了。
他们三人想学习忍术，大蛇丸本来要杀了他们，但自来也决定收他们当弟子，作为木叶里的补偿。……
“等国与国之间也会相互理解获得和平，那只是一厢情愿而已，我们的家人都被杀害了，如果要相互理解的话，至少也要让对方尝尝同样的痛苦，这才算是分享痛苦吧，所以战争才无法停止，我要变强，我要保护大家，我要改变这个国家。”
弥彦的思想是以武力改变国家，但是要让对方尝尝同样的痛苦，那就无法让战争停止，自来也想要的是，让人能放弃怨恨，重新构筑并贯彻和平。
小南的能力是控制纸，她自己并没有强烈的思想，只是在跟随弥彦。
长门的思想是保护他的家人，现在，也就是弥彦和小南。……
在一次弥彦和长门遇袭时，长门杀死了袭击他们的忍者，自来也发现长门具有传说中的轮回眼。
三大瞳术中被认为是最崇高的轮回眼，忍者始祖的六道仙人才具有的眼睛。
据说现在所有的忍术，都是由那位拥有轮回眼的仙人所创造出来的。
他是在世界陷入混沌之时，用手孕育一切的创造神，也可以是将一切归零的破坏神。
自来也相信他和长门相遇，收长门为徒，是命运的相会。……
“那个时候，弥彦受伤了，我非常生气，等我回过神来的时候，对方已经倒下了，我感到非常害怕，因为憎恨，迷失的我将对方给……我可能做错了，应该会有更好的方法。”
长门的忏悔，自来也很高兴。
“长门，你这么做对不对我也说不清，不过多亏了你，弥彦才能得救，你保护了朋友，所以你做的事应该是正确的，没有人会责备你。”
“一旦受到了伤害就会产生仇恨，相反，如果去伤害别人就会招人怨恨，同时也会受到自己良心的谴责。”
“正因为知道那份良心的伤痛，今后才能以宽大的胸怀待人，这就是我希望你们能够成为的人类。”……
可惜，原以为他们可以靠他们自己的力量来改变雨之国，但他们三人后来居然都死了。
另一个弟子，波风水门虽然出色，但是感觉总是差一点，没有那种命运的感觉。
一直到那天，波风水门看了自来也根据自身经历和希望而写的《毅力忍传》一时兴起把里面主角的名字拿去给了他未出生的孩子——漩涡鸣人。
自来也有一种命运的感觉，与那个未出世的孩子。……
自来也在胡思乱想中，走进了雨之国的都城雨之城，轻而易举的。……